学院下设四个研究中心：生态水文与水资源研究中心、生物地理与资源生态研究中心、土地资源与区域发展研究中心及中药资源研究中心。
生态水文与水资源研究中心：生态水文与水资源研究中心组建于2017年2月，隶属于北京师范大学地理科学学部自然资源学院。生态水文与水资源研究中心旨在建设以干旱半干旱区流域生态水文过程监测、机理分析、模型模拟及水资源可持续利用等综合集成研究为特色的科学研究与人才培养基地。中心拥有黑河流域和青海湖流域生态水文观测网、保定野外观测站以及北京师范大学水文土壤学重点实验室。 中心现有教师11名，包括教授3名、副教授7名、讲师1名。研究方向主要包括流域生态水文过程的多尺度综合观测、陆地生态系统水文-生态过程相互作用及反馈机制研究、生态系统气候适应性及脆弱性机理探讨、生态水文过程中尺度转换理论与方法研究、以及流域生态-水文-经济集成模型的构建与应用等。 中心目前承担着国家自然科学基金的重大研究计划集成项目、重大项目课题、重点项目以及国家重点研发项目课题各1项，面上基金项目6项，近5年发表SCI论文近150篇，获省部级及以上科技奖3项。
生物地理与资源生态研究中心：生物地理与资源生态研究中心组建于2017年2月，隶属于北京师范大学地理科学学部自然资源学院。中心致力于植物地理学、森林与草地资源生态学和景观生态学领域的教学、科研和人才培养。中心以生物资源、生态系统和区域景观为对象，研究其数量、质量的时空动态及其与非生物要素之间的互馈机制；以资源保护和可持续利用为目标，研究其对全球变化、人类利用压力等的响应过程和适应性；针对国家资源节约和生态建设的需要，开展相关理论和技术方法研究，为国家和各级政府提供科技服务与咨询。 中心现有教师14人，其中教授8人，副教授6人。主要研究方向有：森林生态与全球变化、草地资源生态与可持续管理、生态资产评估与生态规划、生态系统与景观过程模拟。
土地资源与区域发展研究中心： “土地资源与区域发展研究中心”是具有《国家土地规划甲级证书》的综合性研究中心，隶属北京师范大学地理科学学部的自然资源学院。中心以北方农牧交错带、海陆过渡带和城乡过渡带等生态脆弱区为主要研究对象，以促进区域可持续发展为基本目标，针对土地资源的开发、利用、保护和管理，开展相关基础理论、技术方法和应用实践的综合集成研究。 中心现有教师19人，其中教授12人，副教授5人，讲师2人。主要研究方向有：土地经济与区域发展；土地生态与区域发展；土地管理与区域发展以及油气资源与区域发展。
中药资源研究中心：中药资源研究中心组建于2001年，隶属于北京师范大学地理科学学部的自然资源学院。建设目标为：依托自然资源学院，以“中药资源”为核心，立足中药学，将地理学、生态学、生物学、环境科学、经济学等多学科研究理念和方法引入中药资源研究，充分发挥交叉学科的优势，打造国内领先的中药资源人才培养和科学研究基地。作为中药资源研究的技术平台，2001年经北京市教育委员会批准成立“中药资源保护与利用北京市重点实验室”、经教育部批准成立“资源药物教育部工程研究中心”两个实验室。 中心现有教师5人，其中教授4人，副教授1人。近10年来，围绕中药资源道地性、中药资源安全性和中药资源综合利用三个方向，承担课题50余项，累计项目经费近2000万元；发表论文200余篇，其中SCI论文100余篇；出版专著4部；专利20余项。
